教育部科技发展中心对截至2013年12月31日已收录在“中国科技论文在线”《科技期刊》栏目的教育部主管的期刊，就期刊的学术质量、网站下载量、期刊入网的完整性、期刊的开放存取及编委的国际化程度等指标进行统计分析，经过严格的评审，按自然科学、工程技术、医药卫生、农业科学和人文社科五类进行“中国科技论文在线优秀期刊”和“中国科技论文在线科技期刊优秀组织单位”评选。根据《关于公布2013年度“中国科技论文在线优秀期刊”暨“中国科技论文在线科技期刊优秀组织单位”评选结果的通知》（教技发中心函〔2014〕139号），共评选出“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖79项，二等奖142项；评选出“中国科技论文在线科技期刊优秀组织单位”61个。

《南京农业大学学报》（自然科学版）荣获“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖，在农业大学学报中仅我们学报一家获此殊荣。教育部科技发展中心自2008年开展了6次该评选活动，《南京农业大学学报》（自然科学版）5次荣获一等奖，1次荣获二等奖。