根据《关于组织2012年度“中国科技论文在线优秀期刊”暨“中国科技论文在线科技期刊优秀组织单位”评选活动的通知》（教技发中心函[2012]183号），教育部科技发展中心对截至2012年12月31日已收录在“中国科技论文在线”《科技期刊》栏目的教育部主管的期刊，就期刊的学术质量、网站下载量、期刊入网的完整性、期刊的开放存取及编委的国际化程度等指标进行统计分析，经过严格的评审，按自然科学、工程技术、医药卫生、农业科学和人文社科五类共评选出“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖33项，二等奖62项；评选出“中国科技论文在线科技期刊优秀组织单位”54个。《南京农业大学学报》荣获“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖，在农业科学类一等奖期刊中排名第二。