2013
年
9
月
27
日
，科技部中国科学技术信息研究所在北京国际会议中心召开了“中国科技论文统计结果发布会”，会上发布了“百种中国杰出学术期刊”名单。《南京农业大学学报》再次被评为“百种中国杰出学术期刊”。
“百种中国杰出学术期刊”自2002年开始每年评选一次。中国科学技术信息研究所根据23项学术计量指标，研制了中国科技期刊综合评价指标体系，并分学科对每种期刊进行综合评定，从4953种科技期刊中，遴选推出了2012年“百种中国杰出学术期刊”名单，名单涵括中国出版的中英文学术期刊，代表中国学术期刊的最高水平。
另据2013年版《中国科技期刊引证报告》（核心版）统计结果，《南京农业大学学报》核心影响因子为0.767，核心总被引频次1465，核心他引率0.93，基金论文比0.89。各项学术计量指标综合评价总分为74.5分，在农业大学学报中名列第1位，在1994种科技核心期刊中排第115位。
