根据教育部科技发展中心2016年12月发布的《关于公布2015年度“中国科技论文在线优秀期刊”暨“中国科技论文在线科技期刊优秀组织单位”评选结果的通知》（教技发中心函[2016]143号），《南京农业大学学报》（自科版）荣获2015年度“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖。教育部科技发展中心已经连续8年组织“中国科技论文在线优秀期刊”的评选活动，《南京农业大学学报》（自科版）荣获一等奖7次，二等奖1次。

为了促进科技期刊健康发展，提高科技期刊的质量，推动科技期刊的数字化建设，扩大科技期刊的影响力，更好地为科学研究和科技工作者服务，教育部科技发展中心对收录在“中国科技论文在线”平台的900余种期刊，从期刊的影响因子和他引率、网站收录论文数和下载量、期刊入网的完整性及期刊编委的国际化程度、开放存取等指标进行统计分析，经过严格评审，评选出2015年度“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖120项，二等奖171项，优秀组织单位53个。一等奖中，自然科学33项，工程技术33项，医药卫生10项，农业科学15项，人文社科29项。