在媒体融合发展的背景下，为进一步推动高校科技期刊网站建设工作的有效开展，继续提升数字出版能力和水平，2017年6月，中国高校科技期刊研究会启动了2017年第四届中国高校科技期刊优秀网站评选活动。此次评比活动历时5个月，网站评价指标体系分为基本功能，扩展功能，多媒体融合3项一级指标、35项二级指标，并侧重于网站的功能性，强调网站的文献服务、用户交互以及多媒体融合案例等。评委对参评网站的评价指标链接清单逐项网上审查并评分，最后在全国范围内共遴选出62家优秀网站，《南京农业大学学报》网站获此殊荣。

《南京农业大学学报》网站主要强调对作者和读者使用的实用性及方便操作性。采用在线采编系统，方便作者在线投稿和查阅稿件状态；投稿须知栏目和作者园地栏目，为作者撰写论文和投稿提供了参考。对于读者，学报可实现自创刊以来全文的OA，读者可以自由下载。电子版优先于纸质版在网站出版，提高了论文的即时性。网站的论文检索功能很全，能为使用者提供其所需。制作了全文HTML格式，通过HTML可以展现多媒体的效果，具有超链接的文件结构模式，便于搜索引擎检索。网站首页有本刊的微信平台二维码扫描入口，可方便手机终端查阅当期与过刊论文。建立了英文网站，增加了学报国际展示度和窗口，促进学报的国际化。