根据教育部司局函件（教技司〔2014〕288号），《南京农业大学学报》被评为“第五届中国高校精品科技期刊”。

2014年4月，教育部科学技术司组织开展“第五届中国高校精品•优秀•特色科技期刊”评比活动（教技司[2014]117号），此次评比主要以期刊的学术质量和编辑出版质量为评选标准，经参评委员会评审，从近400种参评期刊中，共评选出精品科技期刊49种，优秀科技期刊108种，特色科技期刊30种。

该奖项自2006年起每2年评选一次，《南京农业大学学报》连续5届获此殊荣。全国高校科技期刊中共有19种期刊连续5届被评为“中国高校精品科技期刊”，其中，农业大学主办的科技期刊中仅《南京农业大学学报》连续5届获奖，在江苏高校科技期刊中连续5届获奖的也只有《南京农业大学学报》和《东南大学学报（自然科学版）》。