根据中国科学技术信息研究所2005年度中国科技论文与引文数据库（CSTPCD2005）统计结果，《南京农业大学学报》荣获2005年“百种中国杰出学术期刊”称号，学报影响因子0.563（他引率0.93），总被引频次949，基金论文比0.93，学科影响指标0.96。