2018年11月4—7日，中国高校科技期刊研究会第22次年会在重庆召开，年会发布了“2018年度中国高校杰出•百佳•优秀科技期刊”的评选结果，《南京农业大学学报》入选“2018年度中国高校百佳科技期刊”。

此次遴选指标包括期刊荣誉、期刊传播与利用、期刊国际影响力以及期刊行业影响力，由评审专家组成的评委会对参选期刊的学术质量和编辑出版质量进行严格评审，并结合全文检索数据库和评价机构等的相关评价数据进行客观打分，同时结合期刊的学术影响力、行业影响力进行遴选，共评选出中国高校杰出科技期刊24种、中国高校百佳科技期刊120种。